Pendirian Fakultas Sains dan Teknologi beriringan dengan perubahan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Sunan Gunung Djati Bandung menjadi Universitas Islam Negeri. Fakultas Sains dan Teknologi berdiri atas dasar Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Tanggal 16 Maret 2006 Nomor 6 Tahun 2006 tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Islam Negeri Sunan Gunung Djati Bandung. Pada Bab II pasal 4 tercantum bahwa salah satu Fakultas dalam susunan organisasi UIN Sunan Gunung Djati Bandung adalah Fakultas Sains dan Teknologi. Tanggal ini dianggap sebagai tanggal berdirinya Fakultas Sains dan Teknologi di Lingkungan UIN Sunan Gunung Djati Bandung

Embrio Fakultas Sains dan Teknologi diawali dengan pembukaan Program Studi Teknik Informatika pada tahun 2000. Secara berturut-turut Program Studi Teknik Informatika menerima mahasiswa baru tahun akademik 2000/2001, 2001/2002, dan 2002/2003, kemudian menerima mahasiswa lagi tahun 2005/2006. Program studi ini memperoleh widdder mandate berdasarkan persetujuan Dirjen Dikti dengan nomor 2829/D/T/2004, SK Dirjen Bagais Depag RI Nomor Dj.II/384/2004.

Selanjutnya yang menjadi dasar pengembangan lembaga adalah Surat Rekomendasi Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi (Dirjen Dikti) Departemen Pendidikan Nasional nomor 4469/D/T/2004 tanggal 12 Nopember 2004 tentang Rekomendasi Pembukaan Programprogram studi umum pada UIN Sunan Gunung Djati Bandung. Surat Persertujuan Menteri Pendidikan Nasional RI nomor 179/MPN/KI/2004 tanggal 10 Desember 2004 tentang persetujuan Perubahan IAIN Sunan Gunung Djati Bandung menjadi UIN Sunan Gunung Djati Bandung. Surat Menteri Agama RI mengenai Rancangan Peraturan Presiden tentang Perubahan IAIN Sunan Gunung Djati Bandung menjadi UIN Sunan Gunung Djati dengan nomor MA/89/2005 tanggal 31 Maret 2005 yang ditujukan ke Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara.

Dengan dasar-dasar itu program studi yang direkomendasikan untuk Fakultas Sains dan Teknologi adalah Matematika, Biologi, Fisika, Kimia, Teknik Informatika, Teknik Pertanian, dan Teknik Elektro. Pada tahap awal yakni tahun akademik 2006/2007 dibuka program studi Matematika, Biologi, Teknik Informatika dan Teknik Pertanian. Kemudian pada tahun akademik 2008/2009 dibuka program studi Fisika, Kimia, dan Teknik Elektro. Saat ini Fakultas Sains dan Teknologi memiliki 7 jurusan/program studi yang diharapkan kelak menjadi program studi yang unggul baik di tingkat nasional, regional, maupun internasional.